Laboratorium chemii i biologii strukturalnej
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1200-2BLOK4-LAB1 |
Kod Erasmus / ISCED: |
13.3
|
Nazwa przedmiotu: | Laboratorium chemii i biologii strukturalnej |
Jednostka: | Wydział Chemii |
Grupy: |
Chemia i biologia strukturalna (S2-CH) |
Punkty ECTS i inne: |
9.00
|
Język prowadzenia: | polski |
Kierunek podstawowy MISMaP: | biologia |
Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
Założenia (opisowo): | Laboratorium jest częścią bloku, który przeznaczony jest dla szerokiego grona słuchaczy zainteresowanych zastosowaniami metod obliczeniowych w symulowaniu procesów chemicznych i biologicznych (w tym projektowaniu leków) oraz metod eksperymentalnej krystalografii do wyznaczania struktur krystalicznych |
Tryb prowadzenia: | w sali |
Skrócony opis: |
Laboratorium chemii i biologii strukturalnej stanowi ilustrację i uzupełnienie do wykładów oferowanych w tym bloku. W zależności od obranej ścieżki („chem” albo „bio”) studenci wykonują ćwiczenia z puli ponad 40 do wyboru, w tym 7 z nich jest obowiązkowych. |
Pełny opis: |
Oferowane ćwiczenia ściśle powiązane są z wykładami Bloku. Wykonując je, studenci będą mogli w praktyce zapoznać się z m.in.: 1) środowiskiem pracy UNIX w zakresie niezbędnym do wykonywania pozostałych ćwiczeń 2) modelowaniem molekularnym: prowadzeniem symulacji molekularnych i analizą wyników 3) bioinformatyką: przeszukiwaniem sekwencyjnych baz danych, modelowaniem porównawczym, uliniawianiem sekwencji; 4) analizą struktur biopolimerów: analizą statystyczną depozytów w PDB, wizualizacją w programie PyMOL 5) wyznaczeniem struktury trójwymiarowej i analizą kryształów: cząsteczek organicznych, nieorganicznych i minerałów, a także kryształów białek 6) metodami chemii teoretycznej: podstawami popularnych metod elektronowych (metoda Hartree-Focka, metody korelacji elektronowej, DFT), analizą rotacji i oscylacji cząsteczek i ich praktycznym wykorzystaniem do obliczeń własności cząsteczek w ramach popularnych programów obliczeniowych chemii teoretycznej (np. Gaussiana) 7) oddziaływaniami międzycząsteczkowymi: w tym: podziałem energii oddziaływania na składowe i ich interpretacją w ramach rachunku zaburzeń; typami oddziaływań (wiązania wodorowe i in.) oraz metodami modelowania tych oddziaływań 8) elementami teorii grup: w tym zastosowaniem teorii grup do takich zagadnień chemii i krystalografii, jak: symetria cząsteczek i kryształów, reguły wyboru w spekroskopii 9) elementami termodynamiki statystycznej: w tym pojęciem sumy statystycznej, statystycznym ujęciem pojęcia entropii i stałych reakcji chemicznych 10) metodami projektowania leków: Poznanie metod projektowania leków, takich jak: dokowanie ligandów do miejsc wiążących, budowanie fingerprintów oddziaływań lek-cel molekularny, wyznaczanie farmakoforów, szybkie przeszukiwanie baz związków małocząsteczkowych (virtual screening) i in., a także zastosowanie ich do wybranych celów molekularnych: enzymów, receptorów i DNA 11) elementami statystycznej analizy wyników: w tym zastosowaniami metod statystycznych do opracowywania danych i rozwiązywania problemów naukowych. |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)
Okres: | 2024-10-01 - 2025-01-26 |
Przejdź do planu
PN LAB
WT ŚR CZ PT LAB
|
Typ zajęć: |
Laboratorium, 90 godzin, 12 miejsc
|
|
Koordynatorzy: | Dominik Gront | |
Prowadzący grup: | Dominik Gront, Michał Hapka, Anna Hoser, Tatiana Korona, Justyna Kryś, Marta Kulik, Anna Makal, Maura Malińska, Marcin Modrzejewski, Andrzej Sikorski, Wojciech Sławiński, Leszek Stolarczyk | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii.