Bioinformatyka

obowiązkowe

Przegląd podstawowych metod i narzędzi bioinformatycznych z nauką praktycznych umiejętności korzystania z oprogramowania

1. Wstęp do środowiska Unix, obsługa linii komend (powłoka bash), protokół ssh i wprowadzenie do pracy na serwerach obliczeniowych.

2. Wstęp do bioinformatyki, bazy danych dla biologii molekularnej i biotechnologii – przegląd i zastosowanie. Przeszukiwanie baz danych przy pomocy słów kluczowych oraz zastosowanie operatorów logicznych w zapytaniach.

3. Porównywanie dwu sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych. Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych przy użyciu sekwencji jako zapytań.

4. Porównywanie wielu sekwencji. Analiza rodzin białek, reprezentacja rodziny i przeszukiwanie baz danych przy pomocy profilu sekwencji.

5. Motywy sekwencji związane z funkcją. Motywy rodzin białek, sygnały segregacji do przedziałów komórki, sekwencji kontrolujące ekspresję genów. Ukryte model Markova i ich zastosowanie w bioinformatyce.

6. Odróżnianie kodujących i niekodujących sekwencji DNA (metody ab initio i oparte na homologii),

7. Podstawy ewolucji molekularnej oraz tworzenie drzew filogenetycznych.

8. Bazy struktur przestrzennych makrocząstek. Grafika molekularna, zasady wizualizacji struktur biopolimerów.

9. Modelowanie struktur białek globularnych oraz ocena modeli.

10. Samodzielne rozwiązanie przykładowego, złożonego problemu (projekt).

11. Najnowsze osiągnięcia w dziedzinie bioinformatyki.

1. „Podstawy bioinformatyki”, Jin Xiong, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2011 i wydania późniejsze.

2. „Wprowadzenie do bioinformatyki”, Lesk Arthur, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2019 i wydania późniejsze.

3. „Bioinformatyka i ewolucja molekularna”, Higgs Paul G., Attword Teresa K., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2015 i wydania późniejsze.

Zaliczenie ćwiczeń:

- dopuszczalne są dwie nieusprawiedliwione nieobecności

- wykonanego projektu(ew. prezentacji) warunkuje dopuszczenie do egzaminu.

Egzamin (test wielokrotnego wyboru).