Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Cheminformatyka - laboratorium

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-2CHINFLZ
Kod Erasmus / ISCED: 13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Cheminformatyka - laboratorium
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Przedmioty do wyboru w semestrze 2M (S2-PRK-CHM)
Przedmioty do wyboru w semestrze zimowym (S2-CH, S2-CHS)
Punkty ECTS i inne: 1.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
chemia
fizyka
informatyka
matematyka
Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne
Założenia (opisowo):

Laboratorium jest przeznaczone dla studentów I i II stopnia. Wymagana jest podstawowa wiedza z chemii ogólnej, fizycznej, organicznej i biochemii z zakresu I i II roku studiów
Tryb prowadzenia:

w sali
Skrócony opis:

Celem laboratorium jest zapoznanie studentów z repozytoriami danych o znaczeniu farmakologicznym, ich analizą i wykorzystaniem w projektowaniu leków. Wykorzystując podstawowe techniki eksploracji danych student zapozna się z procesem projektowania leku w oparciu o deskryptory molekularne.
Pełny opis:

W trakcie pracy nad indywidualnym projektem student zapozna się z dostępnymi repozytoriami danych o znaczeniu farmakologicznym. Przeprowadzając analizę danych otrzymanych m.in. z testów biologicznych wykona kolejne etapy w projektowaniu nowego leku opartym na właściwościach ligandów: pozyskanie danych, ich analiza, redukcja, konwersja do deskryptorów oraz zastosowanie w skriningu wirtualnym. Wykonując eksperyment in silico student utrwala swoją wiedzę o znaczeniu i sposobie generowania deskryptorów molekularnych i ich roli w technikach automatycznego przetwarzania informacji na potrzeby projektowania substancji lekopodobnych.

Indywidualny projekt do wykonania w trakcie semestru będzie obejmował m.in.:

- przygotowanie zbioru danych zawierającego substancje aktywne farmakologicznie i konwersja do deskryptorów molekularnych

- zastosowanie wybranego algorytmu uczenia maszynowego do tego zbioru danych

- wybór związków o największej aktywności i porównanie wyników z danymi eksperymentalnymi
Literatura:

1. M. Szeliga, Data Science i uczenie maszynowe, PWN 2017

2. T. Morzy, Eksploracja danych. Metody i algorytmy, PWN 2020

3. A. Bąk, J. Polański, Podstawy chemoinformatyki leków, Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego, Katowice 2018.

4. P. Graham, Chemia medyczna, PWN, Warszawa 2019.

5. Dodatkowa literatura podana w trakcie zajęć.
Efekty uczenia się:

Po zakończeniu procesu kształcenia student będzie potrafił:

- wymienić typy danych gromadzonych w repozytoriach biologicznych

- opisać testy biologiczne stosowane w projektowaniu leków

- wygenerować deskryptory molekularne dla dowolnej substancji lekopodobnej

- omówić zastosowanie uczenia maszynowego w projektowaniu leków opartym na właściwościach ligandów

- dokonać krytycznej analizy otrzymanych wyników w kontekście wyników eksperymentalnych oraz zaproponować sposób ulepszenia zastosowanej procedury
Metody i kryteria oceniania:

Zaliczenie na ocenę na podstawie jednego końcowego kolokwium. Kolokwium poprawkowe przeprowadzane w trakcie sesji poprawkowej. Oprócz kolokwium wymagane jest zaliczenie indywidualnego projektu wykonywanego na zajęciach. Wymagana obecność na zajęciach, możliwe dwie nieusprawiedliwione nieobecności
Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-01-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Dorota Latek
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)

Okres: 2024-10-01 - 2025-01-26
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Dorota Latek
Prowadzący grup: Dorota Latek
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii.
ul. Pasteura 1, 02-093 tel: +48 22 55 26 230 http://www.chem.uw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.1.0-3 (2024-12-18)