Modelowanie w chemii organicznej - laboratorium

fakultatywne

Student powinien znać podstawy chemii organicznej oraz spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego. Ponadto niezbędna jest umiejętność obsługi komputera i znajomość pracy w środowisku Windows.

w sali

Programy HyperChem i PCModel - dokładne omówienie ich metod działania oraz podstawowych i zaawansowanych funkcji. Student czynnie uczestniczy w modelowaniu cząsteczek organicznych o wzrastającym stopniu złożoności i obliczaniu ich parametrów geometrycznych oraz energii sterycznych.

Zapoznanie się z programami: HyperChem i PCModel. Budowanie trójwymiarowych modeli cząsteczek organicznych, optymalizacja ich geometrii z zastosowaniem mechaniki molekularnej i różnych pól siłowych, jak również półempirycznych metod mechaniki kwantowej. Budowanie złożonych cząsteczek, makromolekuł i związków jonowych, minimalizacja ich energii oraz wyznaczanie ładunków atomowych. Badanie konformacji prostych cząsteczek o budowie łańcuchowej lub cyklicznej. Poszukiwanie minimum energetycznego cząsteczki z wykorzystaniem metod dynamiki molekularnej; dynamika molekularna w układach solwatowanych. Generowanie teoretycznych widm IR, UV i NMR.

1.Marek Doskocz, Jacek Doskocz, Szczepan Roszak, Roman Gancarz, Modelowanie molekularne w chemii organicznej, Druk. Politechniki Wroclawskiej, Wroclaw 2007.

2.HyperChemT Professional 7.51, Hypercube, Inc., 1115 NW 4th Street, Gainesville, Florida 32601, USA; http://www.hyper.com.

Po zakończeniu nauki w ramach tego przedmiotu student powinien znać wybrane programy komputerowe, służące do modelowania molekularnego cząsteczek związków organicznych

Zaliczenie na ocenę na podstawie dwóch zadań, polegających na samodzielnym wymodelowaniu złożonego związku organicznego i znalezieniu jego odpowiednich parametrów.

nie dotyczy