Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii - Centralny System Uwierzytelniania

Modelowanie molekularne

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	1200-MMOL-OG
Kod Erasmus / ISCED:	13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu:	Modelowanie molekularne
Jednostka:	Wydział Chemii
Grupy:	Przedmioty ogólnouniwersyteckie na Uniwersytecie Warszawskim Przedmioty ogólnouniwersyteckie ścisłe Przedmioty ogólnouniwersyteckie Wydziału Chemii
Punkty ECTS i inne:	1.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	polski
Rodzaj przedmiotu:	ogólnouniwersyteckie
Założenia (opisowo):	Podstawowa wiedza z zakresu chemii, biochemii i fizyki.
Skrócony opis:	Wykład zapoznaje z podstawowymi technikami modelowania molekularnego i wspomagającymi je serwisami internetowymi.
Pełny opis:	Znaczenie modelowania molekularnego w naukach przyrodniczych. Podstawowe techniki modelowania molekularnego i ich połączenie z fizycznym doświadczeniem. Niektóre podstawowe pakiety oprogramowania i bazy danych. Dynamika molekularna, algorytmy, problemy stabilności algorytmów MD. Dynamika Browna. Problem skończonych rozmiarów układów modelowych. Zależne od modeli pól siłowych modyfikacje algorytmów MD. Metody Monte Carlo. Generatory liczb pseudolosowych. Metoda Metropolisa. Różne zespoły statystyczne. Metoda uogólnionych zespołów. Metoda replik. Zastosowanie różnych technik modelowania molekularnego do poszukiwania globalnego minimum energii potencjalnej. Badanie przejść fazowych i równowag dyfuzyjnych; wybór metody i warunków brzegowych; krytyczne spowolnienie. Modele mezoskopowe i zredukowane. Modelowanie makromolekuł i dużych układów biologicznych. Dokowanie ligandów. Membrany. Upraszczanie przestrzeni konformacyjnej. Potencjały: średniej siły i statystyczne. Modelowanie dla wielu skal czasowych. Dynamika Monte Carlo i jej łączenie z Dynamika Browna i klasyczną Dynamiką Molekularną.
Literatura:	1. P. von Rague Schleyer, Encyclopedia of Compuational Chemistry, Wiley 1998 2. K. Binder, D. W. Heermann, Monte Carlo Simulations in Statistical Physics, Springer 2002 3. D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2001
Efekty uczenia się:	Po wysłuchaniu tego wykładu studenci powinni znać podstawowe metody modelowania molekularnego. W trakcie wykładu student zapoznaje się z metodami minimalizacji, dynamika molekularną i metodami Monte Carlo. Studenci zdobywają również praktyczne umiejętności posługiwania się metodami modelowania molekularnego w chemii fizycznej i organicznej.
Metody i kryteria oceniania:	Test zaliczeniowy składający się z około 10 pytań zamkniętych i 5 otwartych (przeprowadzony w sali) lub egzamin ustny (możliwy w trybie zdalnym).
Praktyki zawodowe:	nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres:	2023-10-01 - 2024-01-28	Wybrany podział planu: tygodniowy cykl przedmiotu Przejdź do planu PN WT ŚR CZ PT WYK
Typ zajęć:	Wykład, 15 godzin, 20 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy:	Dominik Gront, Andrzej Koliński
Prowadzący grup:	Dominik Gront, Andrzej Koliński
Lista studentów:	(nie masz dostępu)
Zaliczenie:	Przedmiot - Egzamin Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)

Okres:	2024-10-01 - 2025-01-26	Wybrany podział planu: tygodniowy cykl przedmiotu Przejdź do planu PN WT ŚR CZ PT WYK
Typ zajęć:	Wykład, 15 godzin, 20 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy:	Dominik Gront, Andrzej Koliński
Prowadzący grup:	Dominik Gront, Andrzej Koliński
Lista studentów:	(nie masz dostępu)
Zaliczenie:	Przedmiot - Egzamin Wykład - Zaliczenie na ocenę

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii.